Sus primeros cilindros fueron en su mayoría remakes de temas grabados anteriormente por Ossman, pero se vendían bien, alcanzando cierta popularidad con sus piezas rasgadas, como "A Bunch of Rags" (1900) y "A Ragtime Episode" (1902).
A partir de 1904 grabó para Columbia, y en 1910 para Victor. En 1912 forma el Fred Van Eps Trio junto al baterista Eddie King y el pianista Felix Arndt, formación que estuvo en activo hasta 1922. También dirigió otros grupos, como el Van Eps Quartet, el Van Eps Specialty Four y la Van Eps Banjo Orchestra. En 1921 aparece en una de las primeras filmaciones sonoras cuando Orlando Kellum, inventor del sistema Photokinema, graba al Van Eps Trio en The Famous Van Eps Trio in a Bit of Jazz.
Se asoció a Henry Burr para fabricar y comercializar su "Van Eps Recording Banjo", siguiendo el modelo que él mismo usaba en sus grabaciones y conciertos y que permaneció en el mercado hasta aproximadamente 1930, cuando el uso generalizado de la grabación eléctrica eliminó la necesidad del volumen alto que generaba el modelo Van Eps.
En la década de 1930 el banjo había caído en desgracia en la música popular, pero seguía vigente en la old-time music, y muchos de los músicos pre-bluegrass, como Charlie Poole y los North Carolina Ramblers se dejaron influir abiertamente por el banjo de Van Eps.
Protagonista de la transición entre el ragtime y el jazz, Eps cambió el banjo por la guitarra y comenzó a tocar como músico de estudio para muchos de los grandes, como Benny Goodman, Ray Noble o Red Norvo. Estuvo asociado con el compositor de banjo británico Frank Lawes y grabó algunas piezas con él.
Discografía seleccionada:
1902. Edison 8025. Blaze Away (#5, 09.08.02) 🔊
1911. Victor 16847. Infanta March (#9, 19.08.11)
1912. Victor 17033. Red Pepper - A Spicy Rag (#5, 04.05.12)
Van Eps Trio
1913. Victor 17308. Florida Rag (#10, 21.06.13)
1914. Victor 17677. The Original Fox Trot (#8, 12.06.14)
1919. Victor 18556. Oh, Susy, Behave (#7, 02.08.19)
1920. Victor 18640. Where The Lanterns Glow (#10, 20.03.20)
1916. Columbia 2034. Hill And Dale (#7, 23.09.16)
Van Eps´ Banjo Orchestra
1914. Columbia 5618. Old Folks Rag (#10, 17.04.14)